Pierwszy raz nazwa zamek Dunajec łac. novum castrum de Dunajecz pojawiła się w dokumencie z 1325 zapisana jako własność rodu Jana i Rykolfa panów na Brzozowicy. Byli to wnukowie comesa spiskiego Rudygera z Tyrolu, który za nadaniem króla Węgier Andrzeja II w roku 1209 lokował Niedzice. Do roku 1470 zamek pozostawał pod władaniem potomków Rudygera, a następnie stał się własnością comesa spiskiego Zapolya Emeryka. Dobra zamku niedzickiego były bardzo rozległe, rozciągały się na całym Zamagurzu.

Początkowo zamek ten stanowił węgierską strażnicę na granicy z Polską. W roku 1470 przeszedł w ręce rodu Zapolyich, następnie, przez okres ponad 60 lat w posiadanie Łaskich (Hieronima, a następnie jego syna Olbrachta). Znany ze złego prowadzenia się Olbracht Łaski zamek najpierw zastawił, a póŸniej sprzedał Jerzemu Horvathowi, który starannie go odbudował przekształcając w okazałą renesansową rezydencję (w znacznej części w takiej postaci zachował się po dziś dzień). W roku 1858 zamek w Niedzicy przejął kolejny węgierski ród Salamonów.

Po zakończeniu I wojny światowej zamek znalazł się na terytorium Polski, choć własnością Salamonów pozostawał aż do 1945. Bardzo istotny fakt z tamtego okresu to zachowanie w dobrach zamkowych aż do 1931 (najdłużej w Europie) szczątkowych form pańszczyzny. Od 1948 prowadzono na zamku prace restauracyjne i częściową odbudowę. W części pomieszczeń utworzono dom pracy twórczej Stowarzyszenia Historyków Sztuki, inne udostępniono do zwiedzania, tworząc muzeum wnętrz i historii regionu spiskiego. W 1960 w baszcie urządzono stację sejsmologiczną Zakładu Geofizyki PAN.

Jedną z najbardziej tajemniczych kart w historii zamku jest odnalezione, podobno tuż po II wojnie światowej, inkaskie "kipu" – rodzaj zapisu informacji pismem węzełkowym, które zawiera ponoć informacje o ukrytym skarbie. Zamek "wystąpił" m.in. w serialu telewizyjnym "Janosik" oraz "Wakacje z duchami". W połowie lat pięćdziesiątych XX wieku kręcono tutaj zdjęcia do filmu "Zemsta" na podstawie komedii Aleksandra Fredry. Zamek jest również "bohaterem" książki przygodowej pt. "Ciotka, licho i niedzickie zamczycho".

Dzisiaj zamek spełnia funkcje muzealno-hotelowo-gastronomiczne, będąc jedną z największych atrakcji historycznych południowej części województwa małopolskiego. Do zamku prowadzi "aleja". Za bramą wejściową i sienią znajduje się dziedziniec zamku dolnego. W obrębie tej części zamku mieszczą się pokoje gościnne, kawiarnia, a w dawnej sali balowej restauracja. W części muzealnej można zobaczyć tzw. komnaty Salamonów, wyposażone w przedmioty z XVI-XIX w. Drewniane schody prowadzą na taras widokowy. Przez koleją bramę wiedzie wejście do zamku górnego i do zamkowych lochów, które służyły jako piwnice, a także jako więzienie (obecnie urządzono tu tzw. izbę tortur). Na skraju dziedzińca zamku górnego znajduje się studnia wykuta w litej wapiennej skale na głębokość ponad 60 m. W tzw. Izbach Pańskich na zamku górnym zobaczyć można: salę myśliwską, izbę żupną i izbę straży.

Po drugiej stronie Dunajca na lewym brzegu jeziora Czorsztyńskiego znajdują się ruiny zamku w Czorsztynie.